Kada je internet-trgovac odabrao pravu kombinaciju sistema plaćanja za svoju prodavnicu, slede mu dalju zadaci:

• stvoriti preduslove za integrisanje vrsta plaćanja (ugovori, tehnički standardi itd.)
• odluka o tome koje će zadatke sam da rešava, a koje će poveriti eksternim pružaocima usluga (npr. provera rizika/ scoring)
• kreiranje opštih, što je moguće automatizovanih procesa (između ostalog definisanje interfejsa ili integrisanje dodatnih modula)

Kod integrisanja uobičajenih načina plaćanja u online trgovini treba obratiti pažnju na razne aspekte:

Plaćanje unapred / Prodaja po računu: Tehnički posmatrano, ove dve vrste plaćanja se razlikuju samo po trenutku plaćanja (pre odnosno posle preuzimanja robe). Da bi se obezbedila mogućnost pred-poreskog odbitka, po pravilu se za elektronsko plaćanje računa zahteva takozvani kvalifikovani potpis.

Bezgotovinsko plaćanje: Osnovni preduslov za ovu vrstu plaćanja jeste da trgovac sa svojom bankom sklopi inkaso-dogovor. Kupac mora da dostavi pismenu punomoć za naplatu sa bankovnog računa (npr. preko web-formulara).

Plaćanje kreditnim karticama: Po završetku sklapanja ugovora o prihvatanju sa licenciranom bankom (Acquirer) vlasnik online prodavnice dobija broj ugovornog preduzeća odnosno broj ugovornog partnera. Taj broj služi za naplatu profita ostvarenog preko kreditnih kartica. Elektronski prenos podataka transakcija za plaćanje je tada zadatak angažovanog provajdera platnih usluga (Payment Service Provider -PSP).

Elektronsko plaćanje: Trgovac sklapa dogovor sa pružaocem usluga, kojim se između ostalog i troškove postupka definišu.

Hitna transakcija: Ovo je direktna transakcija koja omogućava da se već pri poručivanju robe određeni iznos prebaci na online račun kupca/ poručioca.

Provera rizika / scoring

One vrste plaćanja, koje kupci favorizuju, često su rizične za vlasnike online prodavnica. Prema istraživanju ibi research-a najmanje 10% računa ne bude plaćeno na vreme, tvrdi 23% trgovaca na internetu. Zahvaljujući scoring postupcima rizik od neplaćanja delotvorno se može smanjiti. Internet trgovci to sami sprovode ili uključuju specijalizovane eksterne pružaoce usluga. Često se na početku postupka poručivanja sprovode mere boniteta, verodostojnosti i adresa. Sa jedne strane rezultati sprečavaju smetnje procesa (npr. greška pri unosu adrese), a sa druge strane omogućavaju dalji tok porudžbine. Tako se kupcu na primer  prikazuju samo određene, sa stanovišta trgovca, relativno sigurne opcije plaćanja.